Schottland, 1952: Die junge Ärztin und Bienenzüchterin Dr. Jean Markham kehrt in ihren Heimatort zurück, um die Praxis ihres Vaters zu übernehmen. Als der in der Schule drangsalierte Charlie als Patient zu ihr kommt, freundet sie sich mit ihm an und weiht ihn in die Kunst des Bienenzüchtens ein. Den Bienen kann der Junge seine Geheimnisse anvertrauen, wie es Jean bereits als Kind getan hat. Durch Charlie lernt die Ärztin auch dessen alleinerziehende Mutter Lydia kennen, die es seit ihrer Scheidung nicht leicht hat. Als Lydia die Miete nicht mehr bezahlen kann, nimmt Jean die beiden bei sich auf. Bei ihrem Einzug ahnt Charlie noch nicht, welches große Geheimnis es in der kleinen Stadt bald zu hüten gilt: Jean und Lydia kommen sich näher und aus Freundschaft wird mehr. Doch das spießbürgerliche Umfeld ist noch nicht bereit für eine Liebe zwischen zwei Frauen.
DER HONIGGARTEN, basierend auf dem gleichnamigen Bestseller von Fiona Shaw, ist ein Film über eine Liebe gegen alle Widerstände und ein feinfühliges Sittengemälde der 50er-Jahre.